สำนักงานพระพุทธศาสนาจังหวัดชัยนาท มีภารกิจเกี่ยวกับการดำเนินงานสนองงานคณะสงฆ์และรัฐ โดยทำนุบำรุงส่งเสริมกิจการพระพุทธศาสนา ให้การอุปถัมภ์ คุ้มครอง และส่งเสริมพัฒนางานพระพุทธศาสนา ดูแล รักษา จัดการศาสนสมบัติ รวมทั้งให้การสนับสนุนส่งเสริมพัฒนาบุคลากรทางศาสนาในระดับจังหวัด โดยมีอำนาจหน้าที่ดังนี้

           ๑. ศึกษา วิเคราะห์ และรายงานข้อมูลสารสนเทศด้านพระพุทธศาสนา เพื่อกำหนดนโยบายในระดับจังหวัด รวมทั้งเสนอแนะแนวทางแก้ไข
           ๒. ติดตามและประเมินผลการดำเนินงานตามนโยบาย แผนงาน โครงการของหน่วยงานในความดูแลของสำนักงานพระพุทธศาสนาจังหวัด รวมทั้งรายงานผลการดำเนินงาน ปัญหาและอุปสรรค ให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้องทราบ
            ๓. ส่งเสริม ดูแล รักษา และทำนุบำรุงศาสนสถานและศาสนวัตถุทางพระพุทธศาสนา รวมทั้งดูแลรักษา และจัดการวัดร้างและศาสนสมบัติกลางในจังหวัด
             ๔. ส่งเสริม และสนับสนุนให้วัดเป็นศูนย์กลางการเรียนรู้ และแหล่งภูมิปัญญาของชุมชน รวมทั้งส่งเสริมให้มีศูนย์กลางในการจัดกิจกรรมทางพระพุทธศาสนาของจังหวัด
              ๕. ส่งเสริม สนับสนุน และประสานงานด้านการเผยแผ่พระพุทธศาสนา และด้านพุทธศาสนศึกษา รวมทั้งดูแล และควบคุมมาตรฐานคุณภาพการศึกษาของสถานศึกษาในสังกัดภายในจังหวัด ให้ผู้เรียนมีความรู้คู่คุณธรรม และพัฒนาบุคลากรทางพระพุทธศาสนา
               ๖. รับสนองงาน ประสานงาน และสนับสนุนกิจการและการบริหารการปกครองคณะสงฆ์ ตลอดจนการดำเนินการตามนโยบายและมาตรการในการคุ้มครองพระพุทธศาสนา
               ๗. ส่งเสริ และประสานการดำเนินงาน ในการปฏิบัติศาสนพิธี และกิจกรรมในวันสำคัญทางพระพุทธศาสนา
               ๘. ปฏิบัติงานตามกฎหมายในความรับผิดชอบของสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ซึ่งกำหนดให้เป็นอำนาจหน้าที่ของผู้ว่าราชการจังหวัด หรือตามที่ได้รับมอบหมาย
                ๙. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่น ที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย